È importante sottolineare la possibilità di interazione e inattivazione reciproca fra la clorexidina e il sodio lauril solfato, detergente contenuto nei dentifrici.

È riportata in letteratura anche una azione antagonista con il monofluoro fosfato contenuto in alcuni collutori e in molti dentifrici.

Pertanto, si consiglia l’uso della clorexidina dopo un intervallo di 30 minuti dall’utilizzo di altri prodotti, o di non usare il dentifricio quando si utilizza il collutorio con la clorexidina.